买来的蘑菇存放不当容易变质，建议采用低温干燥密封的方式保存。新鲜蘑菇可冷藏保存3-5天，干制蘑菇需避光防潮存放。
新鲜蘑菇放入牛皮纸袋或透气保鲜盒，垫上厨房纸吸收水分，置于冰箱冷藏室蔬果格。避免使用塑料袋密封，塑料袋内易凝结水汽导致霉变。香菇、平菇等菌盖较大的品种可菌盖朝下放置，减少水分流失。冷藏温度控制在2-4摄氏度最佳，存放期间每日检查是否有软化或发黏现象。
清洗后的蘑菇切片或整朵焯水1分钟，沥干水分后平铺冷冻。冷冻蘑菇适合炖煮类菜肴，解冻后质地会变软。杏鲍菇等肉质较厚的品种可切厚片直接冷冻，烹饪时无需解冻。冷冻保存可延长至1个月，但风味会有一定损失，建议分装成小份避免反复冻融。
干香菇等干货需装入密封罐，加入食品干燥剂置于阴凉处。受潮的干蘑菇可铺开晾晒或用烤箱50摄氏度烘干。木耳类干货要确保完全干燥后保存，回泡时用冷水缓慢复水。干燥保存的蘑菇需隔月检查是否有虫蛀，开封后建议3个月内食用完毕。
处理干净的蘑菇用真空机抽真空后冷藏，可保存7-10天。真空包装的蘑菇烹饪前需检查是否有酸败气味，真空袋出现胀气应立即丢弃。该方法适合保存松茸等高档菌菇，能较好保持原始形态和香气物质。
将蘑菇用盐水焯烫后浸泡在橄榄油或醋汁中，冷藏保存2-3周。油浸蘑菇需确保完全浸没在油脂中，避免接触空气。腌渍后的蘑菇可直接拌沙拉或做配菜，但钠含量较高需控制食用量。
不同品种蘑菇的保存期差异较大，草菇等娇嫩品种建议24小时内食用，而金针菇冷藏可存5-7天。保存前勿清洗，泥土可用软刷轻扫。若发现蘑菇表面发黏、颜色变深或散发异味应立即丢弃。日常可优先食用菌伞已展开的蘑菇，未开伞的菇体相对更耐储存。搭配食材时注意蘑菇不宜与高水分蔬菜混放，避免交叉污染。
