花茶建议放在冷藏保存，不建议冷冻。花茶的保存方式主要受湿度、氧化、香气挥发等因素影响。
冷藏环境下温度稳定在零度以上，能有效减缓花茶中芳香物质的挥发速度，同时避免叶片受潮结块。多数花茶含有天然挥发性油脂，冷藏可保留其风味成分，如玫瑰花茶的芳樟醇、菊花茶的菊油环酮等活性物质。冷藏时需将花茶装入密封性良好的陶瓷罐或避光玻璃瓶，与气味强烈的食物隔离存放。
冷冻温度可能导致花茶叶片细胞结构破裂，解冻后易出现口感变差、香气流失等问题。部分含水量高的花茶如茉莉花茶在冷冻后可能产生冰晶，破坏花瓣形态。但若需长期保存超过半年，可将花茶分装成小份真空密封后冷冻，取出后需一次性使用完毕避免反复冻融。
日常保存花茶时，除控制温度外还需注意避光防潮。未开封的原料茶可保留原包装放入冷藏室，已开封的需在三个月内饮用完毕。搭配干燥剂使用能进一步延长保质期，饮用前检查是否有霉变或异味。不同品类的花茶保存期限差异较大，如洋甘菊茶冷藏可存六个月，而洛神花茶因酸度较高仅建议存放三个月。
