新鲜芹菜可以通过冷藏、水养、真空密封、冷冻、阴凉通风等方式保存。
将芹菜洗净擦干水分，用厨房纸包裹茎部后装入保鲜袋，扎紧袋口放入冰箱冷藏室。冷藏温度控制在零度至四度之间，可保存五至七天。注意避免与苹果、香蕉等释放乙烯的水果存放在一起，否则会加速芹菜变质。
截取适当高度的容器装入清水，将芹菜茎部朝下直立放入水中，水位浸没根部三厘米左右。每天换水并修剪茎部切口，置于阴凉处可保鲜四至五天。此方法能保持芹菜脆嫩口感，但需注意水质清洁避免滋生细菌。
将芹菜切段后放入真空保鲜盒或专用真空袋，用抽真空设备排出空气密封保存。真空环境能有效隔绝氧气，抑制微生物繁殖，冷藏条件下可延长保鲜期至十天左右。该方法适合需要长期保存且保持完整形态的芹菜。
芹菜洗净切段后焯水三十秒，捞出过冷水沥干，分装进密封袋排出空气后冷冻。冷冻保存可达两个月，但解冻后质地变软，适合用于炖汤或炒菜。注意冷冻前必须进行焯水处理以破坏氧化酶活性，否则会出现褐变现象。
将整棵芹菜用湿润纱布包裹茎部，放置于温度十五度以下、湿度百分之八十五左右的阴凉通风处。定期检查并更换潮湿的纱布，可保存三至四天。传统保存方法适合短期存放且能最大限度保留原始风味，但需避免阳光直射。
芹菜保存期间需定期检查状态，出现叶片发黄、茎部软烂等情况应及时处理。不同保存方法各有利弊，建议根据实际用途选择合适方式。短期食用优先选择水养或冷藏，长期保存可采用冷冻法。无论采用何种方式，保存前都应去除腐烂部分并保持干燥清洁，存放容器要定期消毒。芹菜富含膳食纤维和多种维生素，正确保存能最大限度保留其营养价值，建议尽快食用以保证最佳风味。
