甲鱼的口感与品质主要取决于生长环境、年龄大小和烹饪方式，野生3-5年生的甲鱼肉质最为鲜嫩紧实。
野生甲鱼通常活动量大，肌肉纤维更细腻，脂肪分布均匀，背甲呈青黑色且富有光泽者为佳。这类甲鱼多栖息于水质清澈的湖泊或河流，长期自然摄食螺蚌鱼虾，体内积累的鲜味物质更丰富。烹饪时选择清炖或红烧能最大限度保留其胶质与营养，汤色醇厚且无明显土腥味。
人工养殖甲鱼若采用生态混养模式，投喂新鲜饵料并控制养殖密度，2-3年个体也可达到相近品质。但部分速成养殖甲鱼因生长周期短，肉质偏松散，裙边较薄，烹饪前需用淡盐水浸泡去腥。需注意甲鱼死亡超过4小时后会产生组胺，务必选择鲜活现杀的个体。
食用甲鱼建议搭配山药、枸杞等温补食材，避免与寒性食物同食。高尿酸血症或痛风患者应控制食用量，烹饪时减少内脏使用。挑选时按压甲鱼腹部应坚硬有弹性，翻转后能迅速翻身说明活力佳，宰杀后血液呈鲜红色为新鲜标志。传统中医认为甲鱼适合秋冬进补，夏季食用易加重湿热体质不适。
