青花椒适合冷冻保存，短期使用可冷藏。青花椒的保存方式主要取决于使用频率和储存时间，冷冻能更好保留风味和色泽，冷藏适合一周内食用。
青花椒含有挥发性芳香物质，低温冷冻可有效减缓香气流失。家用冰箱冷冻室温度通常低于零下18度，能抑制酶活性和微生物繁殖，避免花椒变色变味。冷冻前建议将青花椒洗净晾干后分装密封，每次取用避免反复解冻。若短期内使用量较大，冷藏保存更方便取用，但需注意密封防潮，建议用厨房纸包裹后装入保鲜盒。
冷藏保存的青花椒易受潮发霉，尤其南方潮湿环境可能缩短保质期。若发现花椒颜色变暗或散发异味应立即丢弃。冷冻超过三个月的青花椒虽然安全性无虞，但香气会逐渐减弱，建议分批少量储存。无论哪种保存方式，都要避免与气味强烈的食物混放，防止串味影响烹饪风味。
日常使用青花椒时可提前从冷冻室移至冷藏室缓慢解冻，能减少风味损失。新鲜青花椒也可制成花椒油延长保存时间，将洗净晾干的花椒与食用油按比例浸泡，密封避光存放即可随时取用。保存期间定期检查花椒状态，合理规划用量能最大限度保留其麻香风味。
