鲜蘑菇保存的关键在于控制湿度和温度，最佳方式是冷藏并用透气容器包裹。鲜蘑菇容易变质，保存不当会导致水分流失或滋生细菌，采用正确方法可延长保鲜期。
鲜蘑菇含有丰富水分和营养物质，在常温下容易滋生细菌导致腐烂。将未清洗的蘑菇放入纸袋或打孔的保鲜袋中，再置于冰箱冷藏室蔬菜抽屉层，可保持3-5天新鲜。纸袋能吸收多余水分防止霉变，打孔保鲜袋则确保适当透气性。注意避免使用完全密封的塑料袋，否则凝结水汽会加速腐败。
部分特殊品种如金针菇、杏鲍菇可直立放置于装有少量水的容器中，模拟生长环境延长保鲜。这种方法能使菌柄持续吸收水分，但需每日换水并切除变黄部分。野生蘑菇因含水量较低，可先晾晒表面水分后冷藏，但保存时间不宜超过2天。所有蘑菇保存前都不可水洗，潮湿环境会促使微生物繁殖。
日常保存鲜蘑菇时，建议根据烹饪计划分批处理，避免反复取出导致温差变化。若发现蘑菇表面发黏、变色或产生异味应立即丢弃。对于短期无法食用的蘑菇，可焯水后冷冻保存，但口感会有所改变。烹饪前用软毛刷轻扫表面污物，或用厨房纸快速擦拭，最大限度保持蘑菇的原始风味和营养价值。
