木瓜可以通过低温冷藏、避光保存、包裹保鲜膜、切块冷冻、制作果酱等方式延长存放时间。
未成熟的青木瓜适合在10-12℃阴凉通风处存放，成熟木瓜需放入冰箱冷藏室，温度控制在4-6℃。冷藏前用厨房纸包裹木瓜表面吸收水分，避免直接接触冰箱内壁。完整木瓜冷藏可保存3-5天，切开后需在2天内食用。
阳光直射会加速木瓜成熟和腐烂，应存放于阴凉遮光处。可将木瓜装入透气的竹篮或纸袋，置于厨房背光角落。未切开木瓜避光保存可维持5-7天新鲜度，注意与香蕉、苹果等催熟水果分开存放。
切开后的木瓜需用保鲜膜紧密包裹切面，减少果肉氧化和水分流失。包裹前去除籽和内膜，在切面滴少许柠檬汁可延缓褐变。包裹好的木瓜冷藏保存不超过48小时，食用前切除表面干燥层。
成熟木瓜去皮去籽后切块，平铺在保鲜盒中冷冻保存。冷冻前可撒少量白糖或浸泡淡盐水防止冻伤，-18℃环境下可储存2-3个月。解冻后适合制作奶昔或甜品，不建议直接鲜食。
将过熟木瓜去皮捣碎，加冰糖和柠檬汁熬煮成果酱，趁热装瓶密封。100℃高温灭菌后常温保存6个月，开封后需冷藏并在两周内食用。此法能最大限度保留木瓜的β-胡萝卜素和维生素C。
日常存放木瓜需根据成熟度选择合适方法，青木瓜可常温催熟后再冷藏。避免将木瓜与乙烯释放量大的水果混放，定期检查是否有霉变。冷冻保存会改变果肉质地，建议优先采用冷藏或加工方式。食用前注意观察是否有异味或软烂，变质木瓜可能产生霉菌毒素，不可继续食用。
