香菇坏掉后通常会产生酸臭味或霉味，伴有发黏、变色等外观变化。变质香菇可能滋生细菌或霉菌，食用后易引发胃肠不适。
新鲜香菇具有淡淡的木质清香，质地干燥紧实。若储存不当或存放时间过长，表面会逐渐渗出黏液，菌盖边缘发黑或出现绿色霉斑。此时香菇中的蛋白质和糖类被微生物分解，产生硫化氢等挥发性物质，形成明显的腐败气味。轻微变质时可能仅有酸涩感，严重变质时会散发刺鼻异味。
部分特殊品种如花菇自带浓郁气味，需与变质气味区分。若香菇仅因脱水变干，未出现霉斑或黏液，经泡发后仍可食用。但若同时存在质地改变与异味，则表明已发生实质性腐败。冷冻保存的香菇解冻后出现酸味，多因反复冻导致细胞破裂变质。
建议购买时选择菌盖完整、无破损的香菇，冷藏保存不超过5天。烹饪前需观察是否有霉斑或黏液，闻气味是否异常。已变质的香菇即使高温烹煮也无法消除毒素，须立即丢弃。日常可将香菇晾干后密封冷冻，延长保存时间至1个月以上。出现腹痛腹泻等食物中毒症状时，应及时就医处理。
