小米椒可以通过干燥、冷藏、冷冻、腌制和真空密封五种方式长期保存。不同保存方式适用于不同使用需求，可最大限度保留其风味和营养价值。
将小米椒洗净后擦干表面水分，用棉线串起悬挂于通风阴凉处自然风干。干燥过程中避免阳光直射，约2-3周后可完全脱水。干辣椒可装入密封罐置于阴凉处保存，使用时需提前用温水浸泡。此方式能保留辣椒素和维生素C，但部分水溶性营养素会流失。
新鲜小米椒擦干后装入保鲜袋，袋内垫入厨房纸吸收水汽，置于冰箱冷藏室蔬果格。温度控制在4℃左右可保存2-3周。冷藏会轻微影响辣椒表皮光泽度，但能较好保持脆度和辣味。注意避免与乙烯释放量大的水果同放，防止加速腐败。
小米椒洗净晾干后平铺于托盘急冻，冻硬后分装进密封袋排出空气。-18℃冷冻可保存6-8个月，解冻后适合烹饪使用。冷冻会导致细胞结构变化使口感变软，但辣椒红素和矿物质保存率较高。建议按每次用量分装，避免反复解冻。
小米椒用白酒消毒后装入消毒容器，按1：1比例加入煮沸冷却的盐水或糖醋汁，液面需完全没过辣椒。常温发酵1周后转冷藏，可保存3-6个月。腌制会产生乳酸菌提升风味，但钠含量增加，高血压人群需控制食用量。
使用食品级真空机抽除包装袋内空气，密封后置于阴凉避光处。真空状态可抑制需氧菌生长，常温保存可达1年。开封后需尽快食用，未用完部分建议冷藏。此方法能最大限度保留营养，但需要专用设备且成本较高。
长期保存小米椒需注意选择无损伤的完好果实，处理前彻底清洁并晾干表面水分。不同保存方式可搭配使用，如先干燥再真空密封能延长保质期至2年。保存期间定期检查是否有霉变，出现异常应立即丢弃。建议根据烹饪需求选择合适方法，冷冻辣椒适合炖煮，干燥辣椒适合研磨调料，腌制辣椒可直接佐餐。合理保存既能减少食物浪费，又能随时获取辣椒中的维生素A、维生素C和抗氧化物质。
