水果腐烂主要由微生物感染、氧化反应、水分流失、机械损伤以及储存条件不当等因素引起。新鲜水果含有丰富的水分和糖分，为微生物繁殖提供了有利环境，同时自身呼吸作用也会加速变质过程。
水果表皮破损后，霉菌、酵母菌等微生物会侵入果肉。这些微生物分泌的酶会分解果胶和纤维素，导致果肉软化并产生异味。常见如青霉菌感染柑橘类水果后形成绿色霉斑，扩展速度受环境温湿度影响显著。
水果切开后多酚氧化酶与氧气接触，催化酚类物质氧化形成褐色聚合物。苹果、香蕉等富含酚类物质的水果易出现褐变，低温储存可减缓该反应速度，但无法完全阻止氧化进程。
水果表层蜡质层被破坏后，内部水分通过气孔快速蒸发。葡萄、草莓等薄皮水果失水后会出现皱缩，果肉弹性下降。冷藏环境配合保鲜膜包裹能有效降低水分流失率。
运输过程中的碰撞挤压会使细胞破裂，汁液渗出成为微生物培养基。猕猴桃、水蜜桃等软质水果受冲击后，损伤部位会快速发酵产生酒味，需在24小时内食用完毕。
部分水果释放的乙烯气体加速周边水果成熟。将苹果与绿叶菜混放会诱发菜叶黄化，热带水果在低温储存时会发生冷害，出现表皮凹陷等不可逆损伤。不同种类水果应分区存放。
延缓水果腐烂需根据品种特性采取针对性措施。浆果类建议冷藏保存并保持干燥，柑橘类可置于通风阴凉处，香蕉等热带水果适合室温存放。食用前仔细检查霉变情况，轻微腐烂的水果应切除病变部位及周围两厘米果肉，大面积霉变则需整颗丢弃。日常储存时避免塑料袋密封造成的凝露，改用透气纸袋包装更利于延长保鲜期。
