防止土豆发芽最有效的方法是低温避光储存并避免潮湿环境。主要有控制温度、避光保存、隔绝氧气、避免损伤、分开存放等方法。
将土豆储存在5-8摄氏度的环境中能显著抑制发芽。温度过高会加速代谢，而过低可能导致冻伤。地窖、地下室或冰箱冷藏室需用纸袋包裹防潮是理想选择。注意不要与香蕉等释放乙烯的水果同放，乙烯会促进发芽。
光照会激活土豆表皮的叶绿素合成并产生龙葵碱毒素。使用不透明容器或黑色塑料袋密封存放，可阻断光线同时减少水分蒸发。若发现表皮变绿，须彻底削去绿色部分方可食用。
真空包装或充氮储存能延缓发芽。家庭可用保鲜膜紧密包裹单个土豆，减少与空气接触。但需注意完全密封可能导致厌氧菌滋生，建议每周检查状态，及时去除已发芽个体。
表皮破损的土豆会释放促生长物质诱发周边个体发芽。采收运输时轻拿轻放，储存前剔除机械损伤、虫蛀或腐烂的个体。清洗后的土豆须彻底晾干再存放，残留水分易致霉变。
将土豆与苹果、洋葱等分开放置。苹果释放的乙烯气体具有催熟作用，而洋葱的挥发性硫化物可能加速土豆变质。使用竹篮、网兜等透气容器优于密闭塑料袋，可减少结露现象。
除物理储存方法外，日常可优先购买带泥土的新鲜土豆，其表面天然保护层比水洗土豆更耐储存。小规模家庭储存时，每月检查一次并剔除发芽个体，发芽部位及周边组织需深度挖除后方可食用。若需长期保存，可将土豆切块焯水后冷冻，但口感会有所下降。发芽严重的土豆可能积累过量龙葵碱，建议直接丢弃以确保食品安全。合理控制采购量，遵循先进先出原则，避免大量囤积导致变质风险。
