水果上的农药残留可通过流水冲洗、小苏打浸泡、去皮处理、高温加热、果蔬清洁剂等方式有效去除。
流动清水冲洗是最基础的去除农药残留方法。将水果置于流水下反复搓洗至少30秒，借助水流机械力冲刷表面附着的脂溶性农药。带蒂水果如草莓需重点冲洗凹陷处，苹果等表皮光滑的水果可配合软毛刷轻刷。此方法对水溶性农药去除率较高，但对渗透性农药效果有限。
用1%浓度小苏打水浸泡15分钟能分解有机磷类农药。碳酸氢钠的碱性环境可加速农药分子水解，尤其对乐果、敌敌畏等常见杀虫剂降解效果显著。浸泡后需再用流水冲洗，避免碱性物质残留。此方法不适用于蓝莓等表皮脆弱的水果。
直接削去水果表皮可去除90%以上表面农药残留。柑橘类水果剥皮前应先用清水冲洗避免刀面污染果肉，苹果等带蜡质表皮的水果去皮后建议再冲洗。此方法会损失部分膳食纤维和果皮营养素，适合农药残留风险较高的夏季水果。
沸水焯烫1-2分钟可使部分农药热分解。适用于制作果酱的草莓、苹果等，高温能使氨基甲酸酯类农药挥发。蒸煮方式比油炸更安全，避免高温油脂促进农药溶解。处理后立即过冷水可保持口感，但维生素C等热敏营养素会有损耗。
专用果蔬清洁剂含表面活性剂可乳化脂溶性农药。按说明书比例稀释后浸泡5分钟，对拟除虫菊酯类农药清除率较高。使用后必须彻底冲洗避免清洁剂残留，过敏体质者建议选择无香型产品。此方法成本较高但适合葡萄等难清洗水果。
建议优先选购当季本地水果减少运输保鲜剂使用，有机认证水果农药残留风险较低。草莓、油桃等表皮不平整的水果建议组合使用两种以上清洁方法。儿童食用前可延长浸泡时间，胃肠敏感人群尽量选择去皮水果。储存时保持通风干燥能促进部分农药自然降解，避免阳光直射导致农药渗透果肉。日常饮食注意水果品种多样化，分散摄入残留农药的风险。
