纳豆的味道具有独特的发酵豆腥味、黏滑口感和微苦回甘，气味浓烈但营养价值高。
纳豆的刺鼻气味源于枯草杆菌发酵产生的吡嗪类化合物，这类物质同时赋予其类似氨水的特殊气息。处理时可搭配葱花或芥末掩盖气味，日本常见吃法是拌入酱油和生鸡蛋。
发酵过程产生的黏蛋白形成拉丝状质地，口感绵密黏滑。初次食用者可尝试少量拌饭，通过米饭温度降低黏连感，韩国常与紫菜包饭搭配食用。
表层鲜味来自发酵分解的谷氨酸，底层微苦是异黄酮苷水解产物。建议搭配甜味食材如蜂蜜或水果平衡味道，台湾流行加入芒果丁的创意吃法。
挥发性硫化物是气味主要来源，开封后立即搅拌能加速挥发。冷藏保存不超过3天，食用前撒上芝麻或紫苏叶能有效中和气味。
特殊味道来自纳豆激酶和维生素K2等活性物质，冻干技术制作的纳豆粉可保留营养且气味较淡，适合添加到奶昔或汤品中。
纳豆作为发酵食品需要适应期，建议从每日10克开始逐步增量。烹饪时搭配富含维生素C的彩椒或猕猴桃能促进铁吸收，餐后饮用绿茶有助于清洁口腔。规律食用可改善肠道菌群，但痛风患者需控制嘌呤摄入量，每周建议不超过3次，每次50克为宜。
