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如果不慎被扁平疣患者污染的毛巾等物品感染，可以采取以下措施进行处理：

一、消毒处理

使用含氯消毒剂：

可以使用漂白粉、84消毒液等含氯消毒剂对毛巾等物品进行浸泡或擦拭消毒。

消毒时间应足够，确保病毒被彻/底杀灭。

高温消毒：

将毛巾等物品放入沸水中煮沸10分钟以上，或加热至65℃并保持10小时，以杀灭病毒。

紫外线消毒：

如果条件允许，可以使用紫外线灯对物品进行照射消毒，但需注意紫外线对人体的伤害，避免直接暴露。

二、个人防护措施

避免直接接触：

在处理被污染的毛巾等物品时，应佩戴手套和口罩，避免直接接触病毒。

勤洗手：

在处理完被污染的物品后，应立即用肥皂和流动水洗手，以减少病毒在手上的残留。

保持皮肤清洁：

经常洗澡，保持皮肤清洁，避免病毒在皮肤上滋生。

三、就医治疗

及时就医：

如果出现扁平疣的症状，如皮肤上出现小丘疹等，应及时就医进行诊断和治疗。

遵医嘱治疗：

如果确诊患有扁平疣，应遵医嘱进行治疗，不要自行用药或尝试偏方。

治疗过程中，应注意观察病情变化，如有异常应及时就医。

四、预防措施

增强免疫力：

保持均衡的饮食，摄入足够的营养物质，如维生素、矿物质和蛋白质。

多参加体育锻炼，提高身体素质和免疫力。

避免与患者共用物品：

避免与患者共用毛巾、浴巾等个人物品，以减少交叉感染的风险。

保持居住环境通风：

保持居住环境通风透气，避免在家里养宠物，减少细菌滋生。

综上所述，如果不慎被扁平疣患者污染的毛巾等物品感染，应及时采取消毒处理、个人防护措施、就医治疗和预防措施等步骤进行处理。同时，保持良好的个人卫生习惯和增强机体免疫力也是预防扁平疣的重要措施。