苹果可以通过冷藏、避光保存、控制湿度、单独存放、避免磕碰等方式延长保存时间。
将苹果放入冰箱冷藏室可显著延长保鲜期。冷藏温度建议保持在零度到四度之间，低温能抑制苹果呼吸作用和乙烯释放，减缓果肉软化和糖分转化。冷藏前无须清洗苹果，表面自然果蜡能防止水分流失，清洗反而会破坏保护层。若需冷藏已清洗的苹果，需彻底擦干水分并用保鲜袋密封。
阳光直射会加速苹果表皮褪色和营养成分流失。保存时应选择阴凉通风的储物柜或纸箱，用透气的棉布覆盖。紫外线会破坏苹果中的维生素C和多酚类物质，避光环境可使这些营养素保留更长时间。地下室或北向房间是理想的避光储存场所。
苹果适宜保存在相对湿度百分之八十五到九十的环境中。湿度过低会导致果皮皱缩，湿度过高易滋生霉菌。可在储存容器底部铺吸水性材料如木屑或厨房纸，定期检查更换。专业保鲜柜通常配备湿度调节装置，家庭储存可用保鲜膜包裹苹果并在膜上扎小孔平衡湿度。
苹果会释放乙烯气体加速其他果蔬成熟，应与香蕉、猕猴桃等对乙烯敏感的食物分开放置。可用保鲜盒独立封装或分格存放，有条件可使用乙烯吸收剂。苹果之间也应避免紧密堆积，保留至少两厘米间隙保证空气流通，防止局部湿度过高引发腐烂。
机械损伤会破坏苹果细胞结构导致褐变腐烂。运输存放时应使用带缓冲隔层的果篮或蛋托，轻拿轻放。已出现磕碰的苹果需优先食用，损伤部位易滋生扩展青霉等致腐微生物。挑选苹果时注意检查果柄是否完整，完好的果柄能减少病菌侵入概率。
日常保存苹果可定期检查剔除开始腐烂的个体，防止交叉感染。不同品种苹果耐储性差异较大，富士、国光等晚熟品种比嘎啦等早熟品种保存期更长。冬季可将苹果置于未供暖的阳台，夏季建议优先放冰箱。食用前取出冷藏苹果室温放置两小时，口感更佳。合理保存的苹果可维持两个月以上的新鲜度，保留大部分膳食纤维和钾元素等营养成分。
