苹果可通过低温冷藏、控制湿度、避免挤压、单独存放、调节气体浓度等方式延长保存时间。
将苹果放入冰箱冷藏室可显著延缓成熟速度。温度维持在0-4摄氏度时，苹果呼吸作用减弱，乙烯释放减少，果肉硬度和风味能保持较长时间。冷藏前无须清洗，表面天然果蜡能减少水分流失。若需短期存放，阴凉通风处也可暂存3-5天。
用保鲜袋包裹苹果时留出透气孔，或垫上吸水纸调节湿度。环境湿度过高易导致霉变，过低会使果皮皱缩。理想湿度为85%-90%，可在容器内放置半湿毛巾维持湿度平衡。已切开的苹果需用柠檬汁浸泡后密封，防止氧化变色。
苹果堆叠存放时需分层垫软布或纸板，避免磕碰损伤。表皮轻微破损会加速腐烂，受压部位易产生褐变。建议使用带分隔的果蔬盒存放，运输时选用防震包装。碰伤的苹果应优先食用，不可与完好果实混放。
苹果会释放乙烯加速其他果蔬成熟，应与香蕉、猕猴桃等敏感食材分开放置。可将苹果用铝箔纸包裹隔离乙烯，或放入活性炭吸附剂净化存储环境。未完全成熟的苹果可短暂与乙烯释放源接触催熟，成熟后需立即分离。
商业储存常采用气调库控制氧气和二氧化碳比例。家庭可用真空密封袋抽除部分空气，或放入脱氧剂延缓氧化。此法可使苹果保鲜期延长至2-3个月，但开封后需尽快食用。蜜蜡涂膜也能减少氧气接触，保持表皮光泽。
保存苹果时需定期检查剔除腐烂果实，防止霉菌扩散。不同品种耐储性差异较大，富士、国光等晚熟品种更适合长期存放。冬季可将苹果置于未供暖阳台，夏季建议冷藏保存。食用前取出恢复至室温，风味更佳。若发现果核周围有透明糖心现象，属于正常糖分结晶，不影响食用安全。
