辣椒可以通过冷藏、冷冻、晒干、腌制、真空密封等方式延长储存时间。
新鲜辣椒洗净擦干后装入保鲜袋，排出袋内空气扎紧袋口，放入冰箱冷藏室可保存一周左右。冷藏时注意避免与其他气味强烈的食物接触，防止串味影响辣椒风味。冷藏期间定期检查有无霉变，发现变质需立即丢弃。
整颗或切块辣椒平铺在托盘冷冻2小时后，转移至密封袋冷冻保存可达半年。冷冻前建议去除辣椒籽和内膜以减轻苦味，使用时无需解冻直接烹饪能较好保持口感。冷冻辣椒适合制作炖菜、酱料等需要长时间加热的料理。
将完整辣椒用棉线串挂于通风阴凉处晾晒，或切瓣后平铺在竹筛晒制。完全干燥的辣椒可装入透气布袋悬挂保存，避免受潮发霉。干辣椒使用时需提前用温水浸泡恢复部分水分，适合制作辣椒粉或作为调味料使用。
新鲜辣椒洗净晾干后，按比例与盐、大蒜等配料分层装入消毒容器密封发酵。乳酸菌发酵产生的酸性环境能抑制有害菌生长，常温下可储存数月。腌制过程中需确保辣椒完全浸没在汁液中，定期开盖释放发酵气体。
使用真空机抽除包装袋内空气后密封，能有效隔绝氧气延缓氧化。真空包装的辣椒冷藏可保鲜三周，冷冻保存期可达一年。操作时注意避免尖锐物刺破包装，开封后应尽快食用完毕。
储存辣椒时需根据品种特性选择合适方法，青椒等含水量高的品种更适合冷藏或腌制，而小米椒等辣度高的品种适合晒干保存。无论采用何种储存方式，都应确保辣椒采收时成熟度适中、无机械损伤。长期储存的辣椒建议分装成小份，避免反复解冻或开封导致变质。日常取用注意清洁工具，潮湿环境储存时可放置食品干燥剂防潮。若发现辣椒表面发黏、变色或产生异味应立即停止食用。
