蘑菇变质通常表现为颜色发黄发黑、表面黏滑、有酸腐异味或菌褶变黑。判断蘑菇是否变质主要有观察外观变化、触摸表面质地、嗅闻气味异常、检查菌褶状态、测试弹性消失等方法。
新鲜蘑菇菌盖应呈均匀白色或浅褐色，若出现大面积黄斑、黑斑或整体颜色变深，往往提示开始腐败。特别要注意菌柄基部变色情况，此处最先出现褐色水渍状腐败痕迹。部分毒蘑菇变质后会产生荧光现象，夜间观察可见微弱蓝绿色光泽。
正常蘑菇表面干燥略带绒感，变质后会分泌黏液形成滑腻触感。用手指轻压菌盖中央，新鲜蘑菇应快速回弹，若按压后留下明显凹陷或渗出汁液，说明细胞结构已遭破坏。野生蘑菇变质后可能出现表皮皲裂现象。
新鲜蘑菇带有泥土清香或杏仁味，变质后会产生明显酸臭味、鱼腥味等异味。将蘑菇靠近鼻尖轻嗅，若气味刺鼻或引发不适感应立即丢弃。某些剧毒蘑菇变质后会散发类似漂白粉的刺激性气味。
翻转菌盖观察菌褶颜色，新鲜平菇类应为白色至浅灰色，香菇类呈米黄色。若菌褶出现黑褐色斑点或整体变黑，表明孢子大量释放导致腐败。部分变质蘑菇菌褶会产生白色霉状物，触摸易脱落。
新鲜蘑菇菌柄折断时有脆响且断面湿润，变质后纤维软化难以折断。可将菌柄对折测试，能轻易弯曲不断裂则已不新鲜。水泡过的变质蘑菇会出现组织分离现象，撕开菌盖可见蜂窝状空洞。
储存蘑菇时应保持干燥通风，避免密封塑料袋存放。购买时选择菌盖紧实、菌柄粗短的个体，野生蘑菇需特别注意辨别品种。发现蘑菇有任何变质迹象都应整批丢弃，不可切除腐败部分后食用。烹饪前用淡盐水浸泡可延缓氧化，但已变质的蘑菇经高温烹煮仍可能引发食物中毒。日常可将新鲜蘑菇用厨房纸包裹后冷藏保存，尽快在3-5天内食用完毕。
