西红柿可通过冷藏、常温避光、制成酱料、冷冻处理、避免叠放等方式延长保存时间。
成熟西红柿适合冷藏保存，温度控制在4-8摄氏度能延缓腐烂。未完全成熟的青西红柿应先置于室温催熟后再冷藏，冷藏时用厨房纸包裹吸收水分，装入透气保鲜袋并留口通风，避免冷凝水加速变质。冷藏保存期通常为5-7天。
短期存放可选择阴凉通风处，温度保持在12-15摄氏度最佳。将西红柿蒂朝下放置于竹篮或镂空容器中，远离阳光直射和高温灶台。此法适合2-3天内食用完毕的西红柿，能保留更多风味物质。
将西红柿焯水去皮后切块熬煮，加入少量柠檬汁调节酸度，煮沸装瓶可保存3-6个月。制作过程中需确保容器高温消毒，装瓶后倒置排出空气，待冷却后置于阴凉处。此法能最大限度保留番茄红素。
洗净擦干的完整西红柿直接密封冷冻，或切块铺平冷冻后装袋。冷冻会导致细胞破裂，解冻后适合炖煮而非生食。冷冻保存时尽量排出袋内空气，避免冻伤，保存期可达8-12个月。
西红柿受压部位易产生软腐病，堆放时每层用纸板隔开，保持间距促进空气流通。运输途中避免剧烈晃动，家用储存时优先使用浅盘单层摆放。碰伤的西红柿应单独存放并优先食用。
不同成熟度的西红柿需区别对待，青果需继续后熟而红果要及时消耗。保存前无须水洗，表面水分会加速霉变。定期检查剔除腐烂个体，避免交叉污染。搭配乙烯吸收剂可延缓过熟，但不宜与黄瓜等乙烯敏感蔬果混放。根据烹饪需求选择合适保存方式，新鲜西红柿建议优先用于凉拌或快炒，长期保存的适合炖汤或酱料制作。
