新鲜蘑菇保存不当容易变质，正确保存可延长保鲜期至5-7天。保存方法主要有冷藏法、冷冻法、干燥法、真空密封法、盐水浸泡法。
将未清洗的蘑菇放入牛皮纸袋或透气保鲜盒，垫一层厨房纸吸收水分，置于冰箱冷藏室蔬果格。蘑菇表面水分会加速腐败，冷藏温度控制在2-4摄氏度可抑制微生物繁殖。此法适合短期保存，需每日检查是否有霉变。
蘑菇洗净切片焯水1分钟后沥干，平铺在托盘冷冻定型后装密封袋。冷冻会使蘑菇细胞壁破裂导致口感变软，适合后续炖煮或做馅料使用。冷冻保存可达3个月，但解冻后不宜再次冷冻。
将蘑菇切片后置于烘干机或阳光通风处脱水，含水量降至10%以下可常温保存半年。干燥蘑菇需密封防潮，使用前温水泡发。此法会损失部分水溶性维生素，但能保留鲜味物质和膳食纤维。
用真空机抽除包装内空气后密封，冷藏保存可延长至10天。真空环境抑制需氧菌生长，但设备成本较高。注意蘑菇需完全干燥后再真空包装，否则易滋生厌氧菌。
配制3%浓度盐水浸泡蘑菇10分钟，沥干后冷藏保存。盐分能渗透细胞抑制腐败菌，但会改变蘑菇原有风味，适合后续烹饪调味的菜品。保存时间约5天，需每日更换盐水。
不同品种蘑菇保存方式略有差异，草菇等含水量高的菌类更适合冷冻，香菇等肉质厚的适合干燥。保存前勿用水冲洗，可用软刷清洁表面杂质。无论采用何种方法，都应避免与气味强烈的食物同放。若发现蘑菇发黏、变色或产生异味应立即丢弃。日常建议按需购买，新鲜蘑菇的营养价值和口感最佳，长期保存会损失部分维生素B族和鲜味物质。
