生好的绿豆芽一般无须去皮，直接清洗后即可食用。绿豆芽的外皮富含膳食纤维和部分营养素，去皮会降低营养价值。
绿豆芽的外皮质地较薄嫩，经过充分清洗后几乎不会影响口感。外皮中的膳食纤维有助于促进胃肠蠕动，对改善便秘有一定帮助。绿豆芽在发芽过程中，外皮会自然裂开并软化，烹饪时能与其他部分同步熟透。若个别外皮有破损或颜色异常，可简单摘除，但整体保留更符合营养原则。
少数情况下若追求极细腻口感，可采用快速焯水后冰镇的方法使外皮轻微收缩，再用流水轻轻搓洗。但这种方法会导致部分水溶性维生素流失，且操作不当可能破坏芽体完整性。对于消化功能较弱的人群，适当延长焯水时间比去皮更能改善消化吸收。
建议食用前用流动清水反复冲洗绿豆芽3-4次，重点冲洗根部和芽尖缝隙。可搭配胡萝卜丝、木耳等食材清炒，或焯水后凉拌，保留最大营养。储存时注意保持干燥通风，避免阳光直射导致维生素C分解，建议现买现吃以保证新鲜度。
