蘑菇是否变质可通过观察颜色变化、气味异常、质地改变、菌褶状态和储存时间综合判断。
新鲜蘑菇表面应呈现均匀的本色，如白色口蘑为乳白，香菇为浅棕。若出现大面积发黄、发黑或绿色霉斑，尤其菌盖与菌柄交界处有深色扩散，通常表明微生物滋生。部分蘑菇切割后接触空气会轻微褐变，但仅限于切口处，若整朵快速变色则可能已腐败。
正常蘑菇带有泥土清香或木质气息，变质后会散发明显酸腐味、氨水味或霉味。可将蘑菇靠近鼻尖轻嗅，若气味刺鼻或令人不适，即使外观正常也应丢弃。部分野生蘑菇本身具有特殊气味，需结合其他特征综合判断。
新鲜蘑菇触感紧实有弹性，轻压后迅速回弹。变质的蘑菇会发黏、滑腻，菌盖表面出现黏液层，菌柄变软易折断。脱水干瘪或过度水浸导致的海绵状质地也属于异常，这类蘑菇营养流失且易滋生细菌。
伞菌类需重点检查菌褶部位。健康蘑菇的菌褶排列紧密、颜色均匀，常见为白色或浅灰色。若菌褶发黑、黏连成片，或出现绒毛状菌丝，说明已发生霉变。平菇等菌褶较密的品种更需掰开观察内部状态。
未处理的鲜蘑菇冷藏保存超过5天即存在风险，预包装蘑菇需在保质期内食用。若储存环境潮湿或温度波动较大，即使未到期也可能提前变质。冷冻蘑菇出现冰晶刺破细胞、解冻后瘫软流水时不宜食用。
日常选购蘑菇时优先选择菌盖完整、无破损的新鲜品，购买后尽快处理食用。短期保存可用牛皮纸包裹冷藏，避免塑料袋密封导致冷凝水积聚。烹饪前需彻底清洗缝隙泥沙，但不宜长时间浸泡。出现任何可疑变质特征时，建议直接丢弃以防食物中毒，尤其儿童、孕妇及免疫力低下者更需谨慎。搭配大蒜、姜片等具有抗菌作用的食材烹饪，可降低微生物风险。
