判断蘑菇是否变质可通过观察外观、气味、触感和储存时间综合评估。新鲜蘑菇应具有干燥紧实的伞盖、无异味、质地脆嫩，若出现黏滑、发黑、酸腐味或霉斑则已腐败。
新鲜蘑菇伞盖表面光滑干燥，颜色均匀无斑点。变质蘑菇会出现伞盖发黏、边缘发黑或局部凹陷，菌褶可能由白色变为深褐色，表面可能滋生绒毛状霉斑。部分可食用蘑菇如口蘑腐败时会产生黄绿色黏液，需立即丢弃。
正常蘑菇带有清淡土腥味或木质清香。腐败后会产生明显酸腐味、霉味或氨水味，尤其伞柄基部气味更浓烈。若冷藏蘑菇开封后有刺鼻异味，即使外观正常也不建议食用。
新鲜菌盖按压有弹性且迅速回弹，菌柄结实不易折断。变质蘑菇触感黏腻湿滑，按压后出现凹陷或渗水，菌柄松软易碎。野生牛肝菌等肉质蘑菇腐败时会渗出黑色汁液。
未处理鲜蘑冷藏保存不超过5天，切片后需2天内食用。真空包装蘑菇需检查是否胀袋，开封后即使未过期，出现白膜或汁液浑浊即变质。干蘑菇应保持干燥，返潮结块可能滋生黄曲霉菌。
轻微变色的蘑菇煮熟后尝一小口，若有苦味、麻舌感或金属味应立即吐掉。野生杂菌烹饪后汤汁浑浊起泡需整锅废弃。注意部分毒蘑菇新鲜时亦无异常，不确定品种时绝对禁食。
日常储存蘑菇建议用牛皮纸袋包裹冷藏，避免密封塑料袋导致冷凝水加速腐败。烹饪前切除菌柄基部1厘米，野生菌类需确保100%熟透。老年人、婴幼儿及免疫力低下者应避免食用隔夜蘑菇制品，出现腹痛、呕吐等中毒症状需保留样本并即刻就医。定期检查干货储藏环境湿度，发霉干蘑产生的黄曲霉素高温烹煮也无法破坏，必须整包丢弃。
