没削皮的菠萝在室温下通常能存放2-3天，冰箱冷藏可保存5-7天。保存时间受成熟度、储存环境、表皮完整度、温度波动、湿度等因素影响。
成熟度高的菠萝表皮呈金黄色且散发浓郁果香，这类菠萝糖分含量高，微生物更易繁殖，存放时间相对较短。未完全成熟的青绿色菠萝因酸性物质较多，天然防腐能力较强，常温下可多存放1-2天。购买时可轻按果肉判断，坚硬无弹性的菠萝通常未成熟。
通风阴凉的干燥环境能延缓霉菌滋生，潮湿环境会加速表皮霉变。避免将菠萝与香蕉、苹果等乙烯释放量大的水果同放，乙烯会加速菠萝后熟过程。厨房灶台附近因温度波动大，比远离热源的储物架保存期缩短约三分之一。
带有擦伤或裂口的菠萝易被霉菌侵入，保存时间比完好菠萝减少一半以上。选购时应检查冠芽基部是否发黑，叶片枯萎可能预示内部已开始腐败。运输过程中磕碰形成的暗斑会逐渐扩大，这类菠萝需优先食用。
25℃以上环境会加速果肉发酵，产生酒味后即不可食用。冰箱冷藏室4℃条件下能有效抑制酶活性，但低温可能导致冷害，表现为果肉半透明化。若发现冷藏后菠萝心部变褐，说明已发生低温损伤，需尽快食用。
包裹厨房纸能吸收冷凝水，预防表皮霉变。直接套塑料袋会导致水汽积聚，建议使用带透气孔的保鲜膜。热带地区可尝试用盐水擦拭表皮，利用高渗透压抑制细菌，但这种方法会略微影响口感。
建议将完整菠萝存放在阴凉通风处，避免阳光直射。若需延长保存，可用报纸包裹后冷藏，但冷藏超过3天可能影响甜度。已切开的菠萝须用密封盒冷藏并在2天内食用完毕，冷冻保存会导致细胞破裂口感变差。食用前注意检查果肉是否发软变味，出现发酵气味或黏液应立即丢弃。日常储存时可定期检查冠芽状态，叶片挺拔说明新鲜度较好。
