清洗香菇最好的方法是先用流动清水冲洗表面污垢，再用淡盐水浸泡5分钟去除残留杂质，最后用厨房纸吸干水分。香菇质地疏松易吸水，过度揉搓或长时间浸泡会影响口感。
将香菇伞盖朝下置于流动清水下冲洗，借助水流冲走伞褶中的泥沙。注意水压不宜过大，避免破坏香菇组织结构。伞柄底部木质化部分可直接切除，此处易藏匿污垢且口感较差。新鲜香菇表面粘液层含营养物质，简单冲洗即可保留风味。
按500毫升水加3克食盐的比例配制淡盐水，浸泡已冲洗的香菇5分钟。盐分能促使虫卵和微生物脱离，同时帮助分解部分农药残留。浸泡时可用软毛刷轻扫伞褶褶皱处，但不可用力刷洗导致破损。干香菇需先用温水泡发后再进行此步骤。
清洗后的香菇需立即用厨房纸吸干表面水分，防止水溶性鲜味物质流失。伞褶朝下平铺于吸水纸上，轻轻按压至无明显水渍。如需保存，可装入透气保鲜盒垫入干燥纸巾，冷藏保存不超过3天。烹饪前再作最后快速冲洗，避免储存期间二次污染。
香菇富含香菇多糖和维生素D前体，清洗过程应最大限度保留营养。避免使用洗涤剂或高温烫洗，高温会导致鲜味氨基酸分解。野生香菇需延长浸泡时间至10分钟，并仔细检查是否有虫蛀。对于即食香菇制品，开封后可直接用凉开水冲洗后食用。日常储存时保持环境干燥通风，定期检查是否有霉变现象。
