切开的柠檬在常温下可保存1-2天，冷藏可存放3-5天。实际保存时间受储存温度、切口处理方式、密封程度、环境湿度以及是否接触污染物等因素影响。
温度是影响柠檬保鲜的关键因素。常温环境中微生物繁殖速度快，切面易氧化变质。冰箱冷藏可抑制细菌生长，延缓水分流失，建议用保鲜膜包裹后置于4℃左右冷藏区。若需长期保存，可切片冷冻，但解冻后质地会变软。
完整保留果皮的切块比完全去皮的果肉更耐存放。切口暴露的果肉接触空气会加速褐变，建议将切面朝下放置于干燥容器中，或涂抹少量蜂蜜形成保护层。避免使用金属刀具切割，酸性物质易与金属发生反应。
使用食品级密封盒或保鲜膜紧密包裹能有效隔绝空气。未密封的柠檬在冰箱中易吸收其他食物异味，同时水分通过切面蒸发会导致干瘪。真空包装可延长保存期至7天左右，但需确保包装前切面干燥无污染。
湿度过高会促进霉菌滋生，湿度过低则加速失水。冷藏时可用厨房纸包裹吸收冷凝水，再装入透气性较好的保鲜袋。南方潮湿地区建议在容器内放置食品干燥剂，北方干燥环境可适当喷洒纯净水保持湿润。
切割前需彻底清洗柠檬表皮，避免刀具和砧板残留其他食材的微生物。已出现霉斑或发酵气味的柠檬应立即丢弃，霉变产生的展青霉素即使加热也难以分解。若切面轻微发干，可切除表层后尽快使用。
建议根据实际用量分切柠檬，未使用部分尽快冷藏。变质柠檬的果肉会变暗发黏，汁液浑浊且有异味。短期保存的柠檬片可浸泡于凉开水中冷藏，但需每日换水。日常可将柠檬用于调味、泡水或清洁，既避免浪费又能发挥其富含维生素C和柠檬酸的价值。
