干黑木耳在阴凉干燥环境下可保存1-2年，泡发后的黑木耳需冷藏并在2-3天内食用完毕。
干黑木耳水分含量极低，密封避光保存时微生物难以繁殖，保质期相对较长。存储时需注意环境湿度不超过百分之六十，避免受潮结块。若发现干木耳表面出现白色霉斑或散发异味，表明已变质不可食用。未拆封的真空包装产品可参照包装标注的保质期，通常比散装产品保存时间更长。
泡发后的黑木耳因含水量增加，成为细菌滋生的温床。冷藏保存时需用保鲜盒密封，避免与其他食材交叉污染。夏季高温环境下，即使冷藏也建议24小时内食用。若木耳出现黏液感、酸腐味或颜色发红，表明已腐败变质。反复冷冻解冻会破坏木耳细胞结构，导致营养流失和口感变差，不建议采用冷冻保存方式。
日常存放干木耳可放入陶瓷罐或玻璃瓶，加入少量食品干燥剂延长保存时间。烹饪前需充分泡发并剔除根部硬结，流水冲洗去除杂质。凉拌木耳建议现泡现吃，加热烹制时可适当延长煮沸时间确保食品安全。特殊人群如消化功能较弱者，应控制单次食用量不超过50克干品。
