消化功能较弱者、过敏体质者、胆囊疾病患者、肾结石患者、体重超标者等人群不宜食用南瓜子。南瓜子含有较多脂肪与粗纤维，可能加重消化负担或诱发过敏反应。
南瓜子外壳坚硬且富含膳食纤维，胃肠功能较差的人群如慢性胃炎、肠易激综合征患者，食用后可能引发腹胀或腹痛。这类人群肠道蠕动能力不足，难以完全分解粗纤维，未充分咀嚼还可能划伤消化道黏膜。建议选择去壳南瓜子仁并控制单次摄入量在10克以内。
南瓜子含有的瓜氨酸等蛋白质成分可能引发过敏反应，表现为皮肤瘙痒、口腔肿胀或呼吸困难。既往对坚果种子类食物过敏的人群应避免食用，首次尝试时可先少量测试。若出现荨麻疹等速发型过敏症状，需立即停止摄入并就医。
每100克南瓜子含脂肪约49克，高脂饮食会刺激胆囊收缩，可能诱发胆囊炎急性发作。胆囊切除术后患者因缺乏胆汁储存器官，过量食用会导致脂肪消化不良。此类人群每日脂肪摄入量应控制在30克以下，建议选择蒸煮等低油烹饪方式。
南瓜子中草酸盐含量较高，可能促进草酸钙结石形成。既往有肾结石病史者长期大量食用会增加复发风险，尤其需避免与菠菜等高草酸食物同食。每日摄入量不宜超过20克，同时保证2000毫升以上的每日饮水量以降低尿液浓度。
南瓜子热量密度较高，每100克约含574千卡，相当于两碗米饭的热量。肥胖人群若不加控制摄入量，容易造成热量过剩。建议作为零食时替换部分主食，每日总量控制在15克以内，优先选择原味未添加糖盐的品种。
健康人群每日食用南瓜子建议控制在20-30克，最好选择未加工的原味产品以避免额外盐分摄入。食用时充分咀嚼有助于消化吸收，搭配富含维生素C的水果可提高铁元素吸收率。储存时需密封防潮，避免油脂氧化变质产生哈喇味。特殊人群在医生或营养师指导下制定个性化摄入方案更为安全稳妥。
