皮皮虾通常需要去除内脏，尤其是虾线部分。虾线是皮皮虾的消化道，可能残留泥沙或代谢废物，影响口感和卫生。但虾黄部分可依据个人喜好保留，其富含卵磷脂等营养物质。
皮皮虾的虾线位于背部，呈深色细条状，容易辨认。处理时可用牙签从虾头第二节处插入，轻轻挑出整条虾线。新鲜皮皮虾的虾线较易完整去除，若虾线断裂，可多次冲洗腹部。虾线未去除可能导致食用时有轻微苦味，但对健康成年人一般无直接危害。
部分小型皮皮虾因个体差异可能虾线不明显，或经过充分吐沙处理后内脏残留较少。若追求更高食用体验，建议仍去除虾线；若时间紧张或烹饪方式为高温长时间处理，可适当放宽要求。虾头内的消化腺和鳃部建议一并清除，这些部位可能富集重金属等环境污染物。
皮皮虾是高蛋白低脂肪的海鲜，建议搭配姜蒜等辛香料去腥。过敏体质者需谨慎食用，避免引发荨麻疹等过敏反应。购买时选择外壳光亮、触须完整的活虾，死亡超过两小时的皮皮虾易滋生细菌，不宜食用。清蒸或白灼能最大限度保留营养，油炸时需注意控制油温避免产生有害物质。
