皮皮虾一般需要去除内脏，尤其是消化腺和沙囊部分，以避免食用时产生苦味或携带污染物。处理时需注意保留虾黄等可食用部分。
皮皮虾的内脏主要集中在头部与躯干连接处，包含消化腺和沙囊体。消化腺可能积累重金属或藻类毒素，沙囊中则可能残留泥沙。新鲜皮皮虾的内脏呈深色条状，用剪刀沿背部剪开外壳即可剔除。若虾体较小或烹饪方式为整只高温油炸，高温可能破坏部分有害物质，但完全去除仍是更安全的选择。
部分沿海地区有食用虾黄的习惯，虾黄是皮皮虾的生殖腺，营养丰富且味道鲜美，需与内脏区分。购买时选择鲜活、外壳光亮的个体，死亡过久的皮皮虾内脏更易腐败。处理时可用牙签从虾颈处挑出内脏线，或直接将头部拧下连带去除内脏，再用流水冲洗腹腔。
建议烹饪前彻底清理皮皮虾内脏，清蒸或白灼时尤其要注意处理干净。搭配姜醋汁食用可帮助杀菌，过敏体质者需谨慎食用虾黄。若购买冷冻皮皮虾，解冻后应检查内脏是否发黑变质，处理时避免划伤手指。儿童及胃肠功能较弱者建议少量食用，确保充分加热以降低食品安全风险。
