椰子开了孔一般不建议隔夜饮用，容易滋生细菌导致变质。若储存得当且未出现异味、浑浊等情况，部分新鲜椰子水可短暂冷藏保存。
新鲜椰子水富含糖分和矿物质，开孔后与空气接触会加速微生物繁殖。常温环境下超过4小时可能出现酸败，冷藏保存可延缓变质但不宜超过12小时。储存时需确保开口密封，避免与其他食物交叉污染。饮用前需观察液体是否澄清、有无絮状物，闻起来有无发酵味。
特殊情况下，采用无菌技术开孔并立即冷藏的椰子水，可能在24小时内保持可饮用状态。但家庭操作难以达到无菌条件，椰子外壳破损后内部压强变化也会加速氧化。部分商超售卖的预开口椰子采用真空包装和巴氏杀菌工艺，这类产品保质期相对较长，但仍需按包装说明储存。
椰子水变质后可能引发胃肠不适，出现腹泻或呕吐症状。婴幼儿、孕妇及免疫力低下人群应避免饮用隔夜椰子水。建议开孔后2小时内饮用完毕，夏季高温环境下更需尽快食用。若需保存，可过滤后煮沸杀菌再冷藏，但风味和营养会有损失。
