制作柠檬水建议选择新鲜、汁多的黄柠檬或青柠檬，两者各有特点。黄柠檬酸度适中香气浓郁，青柠檬酸味更清爽但香气略淡，可根据个人口味偏好选择。
黄柠檬果肉饱满且汁液丰富，表皮油脂腺密集，切开后能释放更多芳香物质。这类柠檬适合制作需要突出香气的热饮柠檬水，或与蜂蜜搭配的温润饮品。其维生素C含量较高，但长时间高温浸泡可能导致营养流失，建议切片后尽快使用。表皮蜡质层较厚的进口黄柠檬需用盐搓洗后再切片。
青柠檬个头较小但果皮薄软，汁水酸度更高且带有微涩感，适合制作冰镇柠檬水或搭配薄荷叶饮用。其柠檬苦素含量略高，对消化有轻微刺激作用，胃肠敏感者应控制用量。未完全成熟的青柠檬酸度更强，可依据季节选择不同成熟度的果实。冷藏后切片能减少汁液飞溅，但浸泡时间不宜超过4小时以免发苦。
无论选择哪种柠檬，建议使用有机种植产品并充分清洗表皮。每日柠檬水摄入量控制在1-2杯为宜，胃酸过多者应餐后饮用。制作时保留部分果皮可增加类黄酮物质溶出，但需避免白色髓层过多带来苦味。长期饮用者建议定期更换柠檬品种，以获取更全面的营养成分。
