香水柠檬和尤力克柠檬是香气较突出的品种，前者具有浓郁持久的果香，后者散发典型柠檬清香。
香水柠檬果皮富含挥发性芳香油，其香气物质含量高于普通柠檬，尤其适合制作饮品或甜点提香。该品种果皮较薄且表面光滑，轻轻摩擦即可释放香气，但酸度较低不适合直接食用。尤力克柠檬作为商业栽培最广泛的品种，果皮中等厚度且油胞密集，香气清新中带有微甜，果汁酸度适中，既可直接调味也能用于烹饪。两种柠檬的香气差异主要源于萜烯类物质配比不同，香水柠檬以柠檬烯为主，尤力克柠檬则含更多芳樟醇。
选择柠檬时可轻捏果实判断香气释放程度，表皮油胞饱满且无淤伤的果实香气更佳。日常可将柠檬切片冷藏保存，或制成柠檬干保留香气成分。需注意对柑橘类水果过敏者应避免接触果皮挥发油，食用时建议用盐水清洗表面蜡质。搭配蜂蜜或薄荷能提升柠檬饮品的风味层次，但胃酸过多者需控制摄入量。
