木耳存放在阴凉干燥通风处可保存较长时间，主要方法有密封冷藏、悬挂晾干、真空包装、防潮处理和定期翻晒。
将干木耳装入食品级密封袋或保鲜盒中，置于冰箱冷藏室4℃左右环境保存。冷藏能有效抑制微生物繁殖，避免受潮变质。注意密封前确保木耳完全干燥，冷藏期间每隔半月检查有无结露现象，若袋内出现水珠需取出重新晾干。
新鲜木耳可串线悬挂于通风避光处自然阴干，干燥过程中每日翻动确保均匀脱水。晾晒至质地脆硬、含水量低于12%时即为合格干品，此方法能最大限度保留木耳多糖等活性成分，干燥后转入密封容器常温保存可达半年以上。
采用真空封口机抽除包装袋内空气，使木耳处于缺氧环境延缓氧化。真空包装后置于避光柜中常温储存，可阻断虫卵孵化与霉菌滋生，特别适合长期储备。需注意包装前确保木耳完全干燥，破损的包装袋需及时更换。
在储存容器底部放置食品级干燥剂或生石灰包，定期更换吸湿材料。潮湿地区建议使用双层容器，内层为透气纱布袋装木耳，外层为密封盒，此法能有效应对梅雨季节的高湿环境，防止木耳吸潮发霉。
已储存的干木耳每隔2-3个月需取出摊开晾晒2小时，紫外线可杀灭表面微生物。翻晒后待余热散尽再重新密封，能显著延长保存期。若发现木耳变软、有异味或出现霉斑，应立即丢弃不可食用。
日常存放木耳需避免与海鲜、腌制品等气味强烈的食物混放，防止串味影响品质。优质干木耳应呈现黑褐色且质地轻脆，泡发后肉质肥厚有弹性。建议每次按需取用后及时密封，减少开合次数。对于短期食用的鲜木耳，可洗净焯水后沥干冷冻保存，但口感会稍逊于干品。无论采用何种储存方式，食用前都需充分泡发并彻底清洗，确保去除泥沙等杂质。
