老南瓜的瓜肉和瓜籽都各有风味，但最受欢迎的部位通常是靠近瓜瓤的瓜肉。南瓜不同部位的食用价值主要有瓜肉、瓜籽、瓜皮、瓜瓤、瓜蒂等。
老南瓜的瓜肉质地绵密香甜，富含胡萝卜素、钾和膳食纤维，适合蒸煮、炖汤或制作南瓜泥。靠近瓜瓤的部分甜度更高，因糖分沉积更集中，烹饪后口感软糯，常用于制作南瓜饼、南瓜粥等传统美食。瓜肉中的β-胡萝卜素有助于维持视力健康，其天然甜味也适合作为婴幼儿辅食原料。
南瓜籽经过烘干或炒制后香脆可口，含有锌、镁和不饱和脂肪酸，可单独作为零食或加入沙拉。新鲜南瓜籽需彻底清洗并晾干，低温烘焙能保留更多营养成分。南瓜籽中的植物甾醇对男性前列腺健康有一定益处，但需注意每日摄入量不宜过多，避免加重消化负担。
嫩南瓜皮可直接烹饪，但老南瓜皮纤维粗硬，通常建议削去。少数品种如日本南瓜的皮质较薄，连皮炖煮能增加膳食纤维摄入。若保留瓜皮食用，需用硬毛刷彻底清洗表面，高温长时间烹煮可使皮质软化，适合制作南瓜浓汤或炖菜。
南瓜瓤含有大量丝状纤维和未成熟瓜籽，口感粗糙且甜度低，一般不建议直接食用。但可过滤后取瓤汁用于和面，或与瓜肉一起打碎制作南瓜馒头。部分地方会将瓜瓤晒干后作为中药材使用，具有轻微利尿作用，需在专业指导下应用。
南瓜蒂部质地坚硬且可能残留农药，通常直接丢弃。少数地区会将老南瓜蒂晒干后入药，但普通家庭烹饪无须保留。若发现蒂部有霉变或腐烂，需切除周围两厘米以上瓜肉避免污染。
选择南瓜时可轻拍表皮，声音沉闷说明果肉饱满。完整南瓜置于阴凉处可保存较久，切开后需尽快食用。南瓜肉可与小米、山药等搭配增强养胃效果，但糖尿病患者需控制摄入量。南瓜籽每日建议食用不超过一把，避免过量油脂摄入。若用南瓜制作辅食，应确保彻底去皮去籽并煮至软烂。
