新鲜的小米辣椒可以通过冷藏、冷冻、晒干、腌制、真空密封等方式保存。
将小米辣椒洗净后擦干水分，放入保鲜袋或密封盒中，置于冰箱冷藏室保存。冷藏温度控制在4-8摄氏度为宜，可保持辣椒新鲜度约1-2周。注意避免与其他气味强烈的食物接触，防止串味。冷藏前无须去除辣椒蒂，有助于延长保鲜期。
将完整或切碎的小米辣椒平铺在托盘上预冻2小时，再转移至密封袋冷冻保存。冷冻可保持辣椒6个月以上，使用时无须解冻直接烹饪。冷冻会改变辣椒质地，更适合用于炖煮、炒菜等需要加热的烹饪方式。建议分装成小份量，避免反复解冻。
选择完整无破损的小米辣椒，用棉线串起悬挂在通风干燥处晾晒。阳光直射环境下约需5-7天可完全脱水，阴凉通风处需2-3周。晒干的辣椒可装入密封罐常温保存1年以上。干燥过程中需定期翻动，避免发霉变质。
小米辣椒洗净晾干后，可浸泡在盐水、醋或酱油中腌制。盐水浓度建议5%-8%，醋腌使用米醋或白醋，酱油腌选择酿造酱油。腌制容器需消毒并确保辣椒完全浸没，常温保存3个月，冷藏可达半年。腌制后辣椒风味更浓郁，适合作为调味配菜。
使用真空包装机抽除空气后密封保存，可显著延长保鲜期。完整辣椒真空冷藏可保鲜1个月，冷冻保存1年。真空密封前需确保辣椒表面干燥，避免水分导致变质。此方法能最大限度保留辣椒的色泽、营养和风味，适合大量保存时采用。
保存小米辣椒时需注意选择无损伤、无腐烂的新鲜果实，不同保存方法可搭配使用。短期保存建议冷藏或真空处理，长期保存优选冷冻或干燥法。腌制辣椒需注意容器消毒和密封性，避免杂菌污染。无论采用何种方式，保存前都应将辣椒清洗干净并充分晾干表面水分，潮湿环境易导致霉变。根据后续烹饪需求选择合适保存方式，如制作辣椒粉宜先晒干，做泡椒则适合盐渍发酵。
