新鲜辣椒可以通过冷藏、冷冻、晾晒、腌制、真空密封等方式保存。
将完整无损的新鲜辣椒装入保鲜袋或保鲜盒中，放入冰箱冷藏室可保存一周左右。冷藏时注意保持干燥，避免水汽凝结导致腐烂。红椒比青椒更耐储存，带蒂保存能延缓水分流失。若发现局部软化需立即取出，避免影响其他辣椒。
洗净擦干的辣椒可直接整颗冷冻，或切段后平铺冷冻再装袋，能保存3-6个月。冷冻会使辣椒质地变软，适合后续用于炒菜、炖煮等烹饪。青椒冷冻前可焯水10秒保持色泽，但会损失部分脆嫩口感。
用棉线串起辣椒悬挂于通风阴凉处，2-3周可制成干辣椒。晾晒过程中需避免阳光直射，定期翻动防止霉变。完全干燥的辣椒可装入密封罐，添加干燥剂能延长保存时间。此法适合皮薄肉厚的小米辣、二荆条等品种。
将辣椒浸泡在醋、酱油或盐水中，通过高渗透压抑制细菌生长。泡椒可保存1-2个月，需确保完全浸没在液体中。制作剁椒时加入适量白酒和盐，装瓶后冷藏风味更佳。腌制会改变辣椒的原始风味，但能增加独特口感层次。
使用真空机抽除包装内空气，隔绝氧气延缓氧化变质。真空包装的冷藏辣椒可保鲜2周以上，冷冻保存可达8个月。此法成本较高但效果显著，特别适合商业批量储存。操作时注意避免尖锐辣椒刺破包装袋。
根据辣椒品种和用途选择合适保存方式，青椒建议优先冷藏或速冻，红椒更适合晾晒干燥。无论采用哪种方法，储存前都需剔除病斑、虫蛀的个体，保持容器清洁干燥。短期内食用的辣椒可保留蒂柄，长期储存建议去除以减少水分蒸发通道。定期检查储存状态，出现霉变需立即处理。烹饪冷冻辣椒时无须解冻，直接下锅能更好保持营养。
