苹果的正确储存方法主要有低温冷藏、避免挤压、控制湿度、单独存放、定期检查等。
苹果适合在0-4摄氏度的环境中保存，家用冰箱冷藏室是最佳选择。低温能有效抑制苹果呼吸作用，延缓成熟和腐烂。未完全成熟的苹果冷藏可保存2-4周，成熟苹果建议1周内食用。冷藏前无须清洗，表面天然果蜡能保护果肉。若需批量储存，可先用透气纸袋包裹再放入冷藏室蔬果盒。
苹果表皮易受机械损伤，碰撞后会产生褐色凹陷并加速腐败。家庭储存时应平铺于容器中，堆叠不超过两层。运输途中可用泡沫网套保护，仓储时建议使用带分隔的塑料筐。特别注意避免与硬物接触，碰伤的苹果需优先食用。
苹果储存环境相对湿度应保持在90%左右，湿度过低会导致失水皱缩，过高易滋生霉菌。可在冰箱冷藏室放置装有水的敞口容器调节湿度，或用微孔保鲜袋包裹苹果。大量储存时可在地面洒水，同时保持通风防止结露。定期观察苹果柄部，若出现霉斑需立即处理。
苹果会释放乙烯加速其他果蔬成熟，应与香蕉、猕猴桃等对乙烯敏感的食物分开放置。同理，不同成熟度的苹果也应分开储存，成熟度高的苹果会催熟周围果实。可使用密封盒独立存放，或与乙烯吸收剂共同储存。需快速催熟其他水果时，可故意将苹果与之混合存放。
储存期间每3-5天需检查苹果状态，及时移除出现软斑、霉变或渗液的个体。轻微碰伤的苹果可切除变质部分后尽快食用，腐烂超过三分之一的建议丢弃。检查时轻拿轻放，避免造成新的机械损伤。冬季室温储存时，需特别注意暖气附近的苹果易失水干瘪。
除规范储存外，建议根据食用计划分批购买苹果，短期食用的可常温放置于阴凉处。不同品种储存期差异较大，富士等晚熟品种耐储性优于嘎啦等早熟品种。食用前用流水搓洗表面，冷藏取出的苹果放置室温后口感更佳。若发现储存环境有异常发酵气味，需彻底清洁容器并通风处理。合理储存不仅能延长苹果保鲜期，还能最大限度保留维生素C和膳食纤维等营养成分。
