甲鱼的经济价值主要取决于品种、生长年限、养殖环境和市场需求，其中野生中华鳖、山瑞鳖等稀有品种价格较高。
中华鳖作为本土优质品种，肉质紧实且富含胶原蛋白，野生个体因资源稀缺价格可达养殖品的数倍。山瑞鳖因生长缓慢、分布区域有限，成年个体在高端市场备受追捧。引进品种如珍珠鳖虽生长快，但口感稍逊，多用于大众消费市场。
五年以上野生甲鱼甲壳坚硬呈黄褐色，体内积累更多营养物质，药用滋补价值显著提升。养殖甲鱼通常两年上市，但仿野生环境下饲养满四年的个体，其裙边肥厚度接近野生品质，价格可翻倍。
生态养殖池中投喂螺蛳、小鱼等天然饵料的甲鱼，脂肪分布均匀，无土腥味。温室速成养殖的甲鱼虽然产量高，但肉质松散，市场价格仅为生态养殖的六成左右。稻鳖共养模式产出的甲鱼兼具生态溢价。
背甲完整无伤、腹甲呈象牙白的个体更受青睐。裙边宽度超过三指、厚度均匀的甲鱼可作高端宴席食材。体色金黄的黄沙鳖属于地域特色品种，在特定地区有更高溢价空间。
冬季休眠前捕获的甲鱼体内储存大量脂肪，滋补效果最佳。端午节前后的交易旺季价格通常上浮，而繁殖期禁捕政策会导致野生甲鱼阶段性缺货。春节前一个月高端礼品需求集中释放时，精品甲鱼价格达到年度峰值。
消费者选购时应注意查看养殖证明和检疫标识，避免购买非法捕捞的野生保护物种。烹饪前需清水暂养排净泥沙，搭配枸杞、山药等食材可充分发挥滋补功效。建议根据实际需求选择合适价位的产品，不必盲目追求高价品种，养殖甲鱼同样能提供优质蛋白和微量元素。保存活体甲鱼需保持环境湿润阴凉，宰杀后应立即烹饪或冷冻储藏。
