干木耳在密封避光条件下通常可保存1-2年，泡发后的湿木耳需冷藏并在2天内食用完毕。
干木耳水分含量极低，正确保存时能长期维持品质。选择密封性良好的容器存放，置于阴凉干燥处避免受潮。定期检查是否有虫蛀或霉变现象，若发现结块、异味需立即丢弃。泡发时使用冷水浸泡3-4小时，夏季建议冷藏泡发防止细菌滋生。完全泡发的木耳体积会膨胀至干品的10倍左右，此时质地柔韧有弹性为佳。
湿木耳保存需特别注意微生物污染风险。冷藏温度应保持在4℃以下，存放时沥干水分并用保鲜盒隔离空气。烹饪前观察是否出现黏液、酸腐味等变质特征，凉拌食用时建议用沸水焯烫1分钟杀菌。特殊情况下如需延长保存，可将泡发木耳分装冷冻，但解冻后口感会变软失去脆性。
日常储存可搭配干燥剂或食品脱氧剂增强防潮效果，开封后的干木耳建议分装成小份量取用。木耳富含多糖和膳食纤维，定期适量食用有助于胃肠健康，但变质木耳产生的米酵菌酸可能引发食物中毒，出现腹痛呕吐症状需及时就医。
