新鲜紫菜可以直接用清水冲洗，但需注意手法轻柔以避免营养流失。清洗时主要需去除泥沙、浮游生物及海水咸味，可采用流水冲洗、淡盐水浸泡等方法。
新鲜紫菜表面常附着海水中的微生物和泥沙，建议将紫菜放入漏盆中用流动的冷水轻轻冲洗，水流不宜过急以免破坏紫菜叶片结构。冲洗时可用手指轻拨紫菜使其充分接触水流，重复进行两到三次即可去除大部分杂质。若紫菜咸味较重，可改用淡盐水浸泡五分钟，盐分浓度约为海水的三分之一，既能脱盐又可保留鲜味。
部分海域采集的紫菜可能含有较多浮游生物，可先将紫菜平铺在深盘中，加入清水后快速搅动十秒，静置两分钟待杂质沉淀后捞出上层紫菜。注意避免长时间浸泡，超过十分钟可能导致水溶性维生素流失。清洗后的紫菜应立即沥干水分，潮湿状态下易滋生细菌。
清洗后的新鲜紫菜建议尽快食用，未用完的可平铺于厨房纸上吸干水分后冷藏保存。紫菜富含碘、钙等矿物质，清洗过程尽量减少揉搓以保护表层营养膜。凉拌或做汤时可直接使用，高温烹煮前无须再次清洗，避免重复接触水分影响口感。
