泡发后的木耳可以晒干保存，但需注意充分沥干水分并避免长时间暴晒。木耳泡发后若未及时食用，可通过晾晒或低温烘干方式脱水，但二次干燥可能导致口感变硬、营养部分流失。
木耳泡发后细胞结构已吸水膨胀，经晒干时水分蒸发速度较慢，若环境湿度高易滋生霉菌。建议将泡发木耳沥干后平铺于竹筛，置于通风阴凉处风干，避免阳光直射导致木耳表面皲裂。使用食品烘干机以50℃以下低温处理更佳，能较好保留木耳多糖等活性成分。晒干后的木耳应密封防潮保存，再次食用前需重新泡发并彻底清洗。
若泡发时间超过8小时或环境温度超过25℃，木耳可能已产生米酵菌酸等有害物质，此类变质木耳即使晒干也不可食用。夏季高温潮湿环境下，泡发木耳建议冷藏保存并在24小时内食用，晒干处理仅适用于未变质且短时间内泡发的木耳。
日常保存干品木耳时建议分装密封，存放于阴凉干燥处。泡发时使用冷水不超过4小时，定期换水可减少微生物滋生。木耳富含膳食纤维与胶质，适量食用为宜，胃肠功能较弱者需充分烹煮。出现异味、黏滑感的泡发木耳务必丢弃，避免食物中毒风险。
