小米辣可以放冰箱冷藏保存，但冷冻会影响口感。新鲜小米辣适合用厨房纸包裹后冷藏，干制小米辣需密封防潮存放。
新鲜小米辣在冰箱冷藏室中可保存较长时间，建议用厨房纸包裹后放入保鲜袋，避免直接接触冷空气导致冻伤。冷藏温度控制在4-8摄氏度为宜，此环境下辣椒素和维生素C流失较少。注意清洗后要彻底晾干表面水分，潮湿环境易使辣椒霉变。若发现表皮发皱或颜色变暗应立即食用。
冷冻保存会导致小米辣细胞破裂，解冻后质地变软且辣味减弱。但需长期保存时可洗净擦干后整根密封冷冻，使用时无需解冻直接切碎入菜。干辣椒更适合阴凉通风处存放，若环境潮湿可连密封罐放入冰箱冷藏，同时放入食品干燥剂吸收水汽。无论哪种保存方式，都要定期检查有无霉斑或异味。
小米辣含有辣椒碱、维生素A和维生素C等活性成分，冷藏可延缓营养流失。日常保存时注意将不同成熟度的辣椒分开存放，成熟度高的优先食用。烹饪前建议用冷水浸泡冷藏过的辣椒10分钟，可恢复部分脆度。对于切开的辣椒，需用保鲜膜包裹切口再冷藏并在2天内用完。合理保存既能延长食用周期，又能最大限度保留其营养价值与风味物质。
