黄花菜含有秋水仙碱，未经处理直接食用可能引发中毒。新鲜黄花菜的花蕊中含有较多秋水仙碱，需通过充分浸泡和高温烹煮破坏毒素。
新鲜黄花菜中的秋水仙碱进入人体后会被氧化成二秋水仙碱，这种物质会刺激胃肠黏膜，导致恶心呕吐和腹痛腹泻。秋水仙碱还可能影响神经系统，引起头晕乏力或四肢麻木。传统食用方法会将新鲜黄花菜焯水后清水浸泡两小时以上，或直接选择干制黄花菜，干制过程中大部分秋水仙碱已分解。
少数情况下可能因处理不当导致中毒，症状严重时会出现血尿或呼吸困难。食用黄花菜后出现唇舌发麻应立即停止食用，饮用大量温水促进排泄。儿童或消化功能较弱者建议选择市售干黄花菜，其加工过程已通过专业脱毒处理。
日常食用黄花菜建议控制单次摄入量，避免与高草酸食物同食影响钙质吸收。黄花菜富含卵磷脂和胡萝卜素，正确处理后可发挥改善记忆力和保护视力的作用。出现持续呕吐或意识模糊等严重中毒症状时，须立即就医进行洗胃和补液治疗。
