新鲜黄花菜含有秋水仙碱毒素，未经处理直接食用可能引发中毒。秋水仙碱在高温或充分浸泡后可被分解，建议彻底焯水或晒干后食用。
新鲜黄花菜中的秋水仙碱属于天然生物碱，进入人体后会氧化成剧毒的二秋水仙碱，主要作用于细胞有丝分裂过程。该毒素对胃肠黏膜有强烈刺激性，误食后两小时内可能出现恶心呕吐、腹痛腹泻等急性胃肠炎症状，严重时伴随四肢麻木、电解质紊乱甚至呼吸抑制。传统食用前需反复浸泡换水或沸水焯烫，使毒素溶于水后弃去。
野生黄花菜品种的秋水仙碱含量可能更高，部分特殊体质人群即使食用处理过的黄花菜仍可能出现轻微头晕症状。若误食未处理的新鲜黄花菜，应立即催吐并携带剩余样本就医，临床常用活性炭吸附毒素并辅以补液治疗。干制黄花菜因加工过程中毒素已分解，安全性显著提高。
日常选购黄花菜时应选择正规渠道的加工产品，避免采摘野生品种。烹饪前用清水浸泡两小时以上，中途换水三次，再用沸水焯烫五分钟可有效降低风险。储存时需保持干燥通风，霉变黄花菜可能产生其他毒素不可食用。老年人及消化功能较弱者建议选择干黄花菜炖汤，既能保留营养又确保安全。
