辣椒保存温度一般在7-10摄氏度，湿度保持在90%-95%较为适宜。辣椒的保存效果受品种差异、成熟度、储存环境等因素影响。
青椒和甜椒对低温更敏感，温度低于7摄氏度易发生冷害，表现为表面凹陷或褐变。这类辣椒适合放在冰箱蔬果层，用透气保鲜袋包裹避免结露。红椒因成熟度高，可耐受稍低温度，但长期低于5摄氏度仍会导致质地变软。干燥环境下辣椒易失水皱缩，可用微湿厨房纸包裹后冷藏，定期检查霉变情况。
短期保存的鲜辣椒可置于阴凉通风处，避免阳光直射导致维生素C氧化。加工型辣椒如干辣椒需彻底晾晒后密封，存放于15摄氏度以下阴凉干燥环境。冷冻保存需先清洗去蒂切块，焯水后沥干分装，零下18摄氏度可存数月，但解冻后质地会变软，适合炖煮用途。
不同品种辣椒的储存期限差异较大，薄皮辣椒冷藏约1周，厚皮椒可达2-3周。储存前剔除病斑果实，避免乙烯接触可延长保鲜期。商业储存会采用气调包装结合低温，家庭保存建议少量分批购买。若发现霉变需整批丢弃，霉变辣椒产生的真菌毒素耐高温，烹调无法去除。
