芒果果肉变黑通常是由于氧化反应或变质导致，主要与储存不当、机械损伤、成熟过度、低温冻害、真菌感染等因素有关。
芒果在高温高湿环境中存放时间过长，果肉细胞会因呼吸作用加速而分解，导致果胶物质氧化变黑。未完全成熟的芒果应置于阴凉通风处后熟，已成熟的芒果需冷藏保存但不宜超过5天。储存时避免与其他释放乙烯的水果混放，可用报纸包裹减缓成熟速度。
运输或采摘过程中碰撞会使芒果内部组织受损，多酚氧化酶与酚类物质接触发生酶促褐变。轻微磕碰可能在1-2天后显现黑斑，严重损伤会直接导致果肉褐变。选购时注意检查果皮是否完整，存放时避免叠压。
过熟芒果的细胞壁逐渐分解，糖分发酵产生酒精类物质，果肉会从芯部开始出现褐色纤维化。这类芒果表皮常有凹陷，果蒂周围发软，伴有发酵气味。建议在果皮刚转黄、轻按微软时食用，过熟部分需彻底削除。
芒果在低于8℃环境中会发生冷害，细胞膜破裂后释放的酚类物质氧化形成黑褐色斑块。冻伤芒果表皮可能出现水浸状凹陷，果肉呈半透明状。热带水果应存放于12℃以上环境，冷藏时需用保鲜膜包裹隔离冷空气。
炭疽病或蒂腐病等真菌会侵入芒果内部，初期形成零星黑点，后期扩展成片状霉斑。病果常伴有酸腐味，果皮可见褐色圆形病斑。这类芒果不可食用，需与其他水果隔离避免交叉感染。
日常食用芒果时，建议选择表皮光滑无斑点的果实，切开后尽快食用或淋柠檬汁延缓氧化。轻微变黑的果肉经高温烹煮仍可食用，但出现霉变、异味或大面积黑斑时应丢弃。储存时保持环境干燥通风，成熟芒果可去核切块冷冻保存，解冻后适合制作奶昔或甜品。
