芒果肉变黑可能由氧化反应、低温冻伤、微生物感染、机械损伤、成熟过度等原因引起。芒果果肉接触空气后易发生酶促褐变，冷藏温度过低会导致细胞破裂，而表皮破损或存放过久会加速腐败变质。
芒果果肉中含有大量多酚氧化酶，当果肉暴露在空气中时，酶与氧气接触会发生酶促褐变反应，导致果肉颜色变深。这种现象类似苹果切开后的变色，属于正常化学反应。用柠檬汁涂抹切面或密封保存可延缓该过程。
芒果属于热带水果，贮藏温度低于8摄氏度时，果肉细胞会因低温结冰而破裂，解冻后细胞液渗出与空气接触，形成褐色斑块。冻伤的芒果通常伴有果肉软化、出水现象，虽不影响食用安全但口感会变差。
表皮有伤痕的芒果容易滋生霉菌或细菌，微生物通过伤口侵入果肉分解营养物质，产生黑色代谢物。这类变质通常伴随酸腐味、黏液分泌，果肉组织呈腐烂状，食用可能引发胃肠不适。
运输碰撞或采摘跌落会造成芒果内部细胞损伤，受损部位会提前启动木质化修复机制，形成褐色纤维化区域。这类黑变通常呈现条状或块状分布，未腐烂部分仍可食用。
后熟过度的芒果果糖会转化为深色物质，果肉逐渐呈现半透明褐变。这类芒果糖分浓缩甜度增高，但伴有发酵酒味时说明已开始腐败。可通过按压果蒂判断成熟度，过硬说明未熟透。
建议选择表皮完整无凹陷的芒果，常温保存时用报纸包裹避免磕碰，切开后尽快食用或浸泡淡盐水。出现大面积黑斑并伴有异味时应当丢弃。日常可将未熟芒果与苹果香蕉共同存放加速成熟，成熟后转移至阴凉通风处。食用前注意观察果肉状态，轻微褐变不影响营养价值，但需切除明显变质部位。
