辣椒可以通过冷藏、冷冻、晾晒、腌制和真空密封等方式保存。不同保存方法适用于不同品种的辣椒和食用需求。
新鲜辣椒可装入保鲜袋放入冰箱冷藏室，温度控制在4-8摄氏度为宜。青椒等肉质较厚的品种冷藏可维持1-2周，小米椒等薄皮品种约5-7天。注意冷藏前无须清洗，表面水分会加速腐败。若发现局部软烂需立即取出避免污染其他辣椒。
洗净擦干的辣椒可直接整颗冷冻，或切块后平铺冷冻再装袋。冷冻辣椒可保存6-8个月，但解冻后质地会软化，适合用于炖煮类菜肴。彩椒冷冻前建议去籽切条，辣椒素含量高的品种需戴手套处理。冷冻保存会降低脆度但能保留大部分营养成分。
将完整辣椒用棉线串挂于通风阴凉处，避免阳光直射导致褪色。干燥过程约需2-4周，完全脱水后装入密封罐可保存1年以上。此法特别适合二荆条、朝天椒等高辣度品种，干燥后辣味更浓郁。注意晾晒环境湿度超过60%易导致霉变。
泡椒做法需用煮沸放凉的盐水完全浸没辣椒，添加大蒜、花椒等香料可提升风味。密封罐装腌制辣椒在阴凉处可存放3-5个月，开罐后需冷藏并尽快食用。糖醋泡椒需保持糖醋汁比例1：1，这种高酸性环境能抑制微生物生长。
使用食品级真空袋抽除空气后密封，结合冷藏可延长保鲜期2-3倍。真空保存的辣椒能最大限度保持色泽和质地，适合商业批量储存。家庭可用吸管抽吸简易真空，但需确保包装完全密封，漏气会导致快速变质。
根据辣椒品种和用途选择合适保存方式，青椒、甜椒等含水量高品种适合冷藏短期保存，干辣椒、辣椒粉需防潮密封。无论采用何种方法，保存前都应剔除病斑虫蛀果实，器具要清洁消毒。大量储存时可组合使用多种方法，如部分鲜食冷藏、剩余制干或腌制。定期检查储存状态，出现霉变需整批丢弃，霉变辣椒产生的黄曲霉素高温烹煮也无法分解。
