辣椒适合存放在阴凉干燥的常温环境中，短期使用可冷藏保存。辣椒的储存方式主要取决于环境湿度、使用频率、辣椒成熟度、储存容器、空间通风性等因素。
辣椒在常温下存放时，需选择阴凉通风且避光的环境，避免高温和潮湿导致霉变。未完全成熟的青椒常温存放有助于继续后熟，提升甜度。使用透气的竹篮或纸袋盛放，可减少水汽积聚。若环境湿度过高或气温超过25摄氏度，辣椒易失水皱缩或腐烂，此时可短期冷藏。
冰箱冷藏适合短期内无法消耗的辣椒，但需注意低温可能导致冻伤或水分流失。冷藏前用厨房纸包裹后装入保鲜袋，避免直接接触冷空气。红椒比青椒更耐冷藏，但存放时间不宜超过一周。切开后的辣椒必须冷藏，并尽快使用。
储存辣椒时避免与释放乙烯的水果如苹果、香蕉同放，会加速腐败。定期检查剔除腐烂个体，防止交叉污染。日常少量购买、及时食用是保持辣椒新鲜度的关键，冷藏或常温均需保持干燥通风。若需长期保存，可考虑晾干制成干辣椒或冷冻处理。
